基本PCR運(yùn)行可以分為三個(gè)階段：指數(shù)期、線性期和平臺期，熒光定量PCR儀主要是在發(fā)生PCR擴(kuò)增時(shí)進(jìn)行測量。一般為定量，因?yàn)樵赑CR的指數(shù)（對數(shù)）期內(nèi)采集數(shù)據(jù)，在此期間PCR產(chǎn)物的數(shù)量與核酸模板的量成正比。

　　熒光定量PCR儀的應(yīng)用十分廣泛，可以進(jìn)行基因表達(dá)定量、芯片驗(yàn)證、病原體檢測、SNP基因分型、拷貝數(shù)變異、microRNA分析、病毒定量、siRNA/RNAi實(shí)驗(yàn)多種方向的研究測量。
 

　　1、提高檢測的動態(tài)范圍

　　2、無需PCR后處理

　　3、檢測能夠覆蓋低至2倍的變化

　　4、在PCR的指數(shù)期內(nèi)采集數(shù)據(jù)

　　5、報(bào)告基團(tuán)熒光信號的增加與生成的擴(kuò)增子數(shù)量成正比

　　6、裂解探針提供擴(kuò)增子的裂解記錄

　　熒光定量PCR儀集中于指數(shù)期，因?yàn)樗商峁└泳_的數(shù)據(jù)進(jìn)行定量。在指數(shù)期內(nèi)，實(shí)時(shí)計(jì)算兩個(gè)數(shù)值。閾值線是反應(yīng)的熒光強(qiáng)度超過背景時(shí)的檢測水平。樣品達(dá)到此水平的PCR循環(huán)稱為循環(huán)閾值(Ct)。Ct值用于下游定量或存在/缺失檢測。通過比較未知濃度的樣品與一系列標(biāo)準(zhǔn)品的Ct值，可以精確測定未知反應(yīng)中的模板DNA數(shù)量。